Najprawdopodobniej w ostatnich latach coraz większym zagrożeniem dla lęgów jest drapieżnictwo lisa. Lęgi są również niszczone przez koty, psy oraz kuny. Na zimowiskach błotniakom łąkowym zagrażają niekorzystne zmiany zachodzące w siedliskach i masowe stosowanie toksycznych środków ochrony roślin. W latach 90-tych (głównie I połowa) zauważalny był silny wzrost liczebności tego gatunku w Polsce. Obecnie sytuacja wydaje się ustabilizowana, chociaż w niektórych regionach zauważono zanik wielu stanowisk.

 

 

Wyraźne zmniejszenie liczby par lęgowych odnotowano na dwóch obszarach – chełmskich torfowiskach węglanowych pod Chełmem oraz na Bagnach Biebrzańskich, gdzie w latach 80-tych stwierdzono największe zagęszczenia tego gatunku w Polsce. Najprawdopodobniej przyczyną zaniku populacji na chełmskich torfowiskach węglanowych było obniżenie poziomu wód gruntowych i bardzo niski sukces lęgowy spowodowany drapieżnictwem lisa. Na Bagnach Biebrzańskich główną przyczyną  zmniejszenia liczby par lęgowych było zaniechanie użytkowania łąk oraz ich zarastanie. Proces ten spowodował, zanik terenów żerowiskowych. Należy podkreślić, że jeszcze do niedawna ptak ten znajdował się na liście gatunków zagrożonych w “Polskiej czerwonej księdze zwierząt”.