Władzami Towarzystwa są:
 - Walne Zgromadzenie Członków
 - Zarząd
 - Komisja Rewizyjna

Zarząd kieruje działalnością Towarzystwa. Za swoją pracę odpowiada przed Walnym Zebraniem Członków. Liczy od 3 do 7 członków, w tym Prezesa oraz od jednego do trzech Wiceprezesów. Kadencja Prezesa oraz Zarządu trwa cztery lata i kończy się ustąpieniem na Walnym Zebraniu Członków

Komisja Rewizyjna jest organem kontrolującym działalność Towarzystwa, liczy od 3 do 5 członków, w tym Przewodniczącego. Jej kadencja trwa 4 lata i kończy się ustąpieniem na Walnym Zebraniu Członków.

Zarząd

Dominik Krupiński (Prezes) - dominik@bocian.org.pl
Marek Kowalski (Wiceprezes) - marek@bocian.org.pl
Wojciech Okliński (Wiceprezes) - wojtek@bocian.org.pl

E-mail Zarządu: zarzad@bocian.org.pl

Komisja Rewizyjna

Jarosław Paciorek (Przewodniczący) - jaroslaw.paciorek@poczta.onet.pl
Marcin Wierzbicki - wierzbicki.marcin@gmail.com
Krzysztof Bolechowski - krzysztofbolechowski@gmail.com

E-mail Komisji Rewizyjnej: komisja.rewizyjna@bocian.org.pl